Agentii FBI Fox Mulder si Dana Scully au misiunea de a rezolva un caz special legat de distrugerea unei cladiri federale din Dallas, care se soldeaza cu moartea unui copil si a patru pompieri.
La fel ca si in serialul cu acelasi nume, X-Files filmul are in prim-plan o misiune greu de indeplinit, aproape imposibil de elucidat si cu foarte putine indicii de urmat.
Obisnuiti cusituatiile limita si imprejurarile riscante, Mulder si Scully sunt implicati de data aceasta intr-o problema a intregii omeniri, una reala de secol XXI, in care inamici nu le sunt personajele supranaturale sau extraterestrii, ci Guvernul American.